非洲錐蟲病的病原體有兩種：羅得西亞錐蟲和岡比亞錐蟲，兩者皆為布氏錐蟲（T.b.brucei）亞種。布氏錐蟲為野生動(dòng)物錐蟲病的病原體，一般不感染人醫(yī)學(xué)|教育網(wǎng)搜索整理。

錐蟲在人體主要寄生于血液和組織間隙，為細(xì)長(zhǎng)鞭毛體，扁平彎曲，前端尖細(xì)有鞭毛，后端較圓。在人體內(nèi)形態(tài)多變，自8～35×1.5～3.5（μm）不等。初感染時(shí)為細(xì)長(zhǎng)型，細(xì)胞核位于蟲體中央，動(dòng)基體位于后端，鞭毛長(zhǎng)；繼而變?yōu)榇侄绦停?xì)胞核位于原蟲后端，鞭毛短，甚至缺如。