1.內外生殖器解剖異常：

（1）處女膜閉鎖：由于泌尿生殖竇上皮未向外陰、前庭貫穿所致。卵巢和第二性征發(fā)育正常。常在青春期發(fā)現(xiàn)有周期性腹痛，亦有因陰道宮腔積血而形成下腹包塊，嚴重可引起尿頻、尿潴留及便泌等壓迫癥狀；

（2）先天性無陰道：副中腎管發(fā)育停滯未向下延伸所致。卵巢正常，如合并先天性無子宮或痕跡子宮為女性生殖道畸形綜合征（Mayer-Rokitansky-Kuster-Hauser綜合征）；

（3）先天性無子宮：副中腎管中段及尾部未發(fā)育所致。

2.內分泌異常：

（1）甲低：促甲狀腺素TSH>10μIU/ml，靈敏促甲狀腺素STSH>4.0μIU/ml游離T３或游離T4低。青春期甲低，使患者代謝緩慢，性腺軸成熟減慢，月經來潮延晚。早期甲低可合并性腺發(fā)育不全，預后不良；

（2）高催乳激素血癥：催乳激素PRL>30-40ng/ml，可伴有溢乳，有垂體巨腺瘤或微腺瘤或空蝶鞍癥，或垂體分泌催乳激素細胞增生所至。PRL高使GnRH及FSH受抑制引起低雌激素而閉經，青春期發(fā)病則原發(fā)閉經；

3.其他：

（1）炎癥：幼年腦膜炎，腦炎后遺癥，使下丘腦分泌受影響。或結核性腹膜炎盆器炎，引起子宮內膜結核，子宮內膜瘢痕，引起子宮性原發(fā)閉經；

（2）損傷：幼年惡性卵巢瘤手術切除子宮及雙附件，尤其生殖細胞瘤，預后較好，可以存活，但為無子宮無卵巢的原發(fā)閉經。放射性治療引起垂體及卵巢的損傷；

（3）營養(yǎng)性：營養(yǎng)極差可引起閉經，發(fā)育差所致。

閉經并不是病因就在下丘腦，有多種原因可以導致。