1930年代中期以前，是民國中醫(yī)學(xué)校辦學(xué)的高潮，但戰(zhàn)事一起，學(xué)校無不受到?jīng)_擊。但各地中醫(yī)藥界人士仍想方設(shè)法利用條件，堅持辦學(xué)。

上海各校孤島辦學(xué)

1937年日軍進攻上海，淞滬抗戰(zhàn)爆發(fā)。英勇的中國軍隊抗擊日軍數(shù)月，后來不幸陷落。不過由于上海租界在外國管治之下，暫時未受波及，成為避難之所，當(dāng)時都有“孤島”之稱。當(dāng)時，不少中醫(yī)學(xué)校遷入孤島，堅持辦學(xué)，繼續(xù)培養(yǎng)醫(yī)學(xué)人才。

戰(zhàn)亂初起，辦學(xué)最久的上海中醫(yī)學(xué)院即通知學(xué)生改到租界的珊家園開學(xué)，不久又搬到國醫(yī)大廈，同時附設(shè)的華隆醫(yī)院也位于法租界內(nèi)。在戰(zhàn)亂中該校仍保持了200多人的規(guī)模。當(dāng)時的辦學(xué)條件艱難，全賴院長丁濟萬獨力支撐，何時?；貞洠?ldquo;尤可佩者為院長丁濟萬師，當(dāng)日寇縱橫之際，雖各地人口散滬，又值災(zāi)亂，疾病蜂起，丁師醫(yī)務(wù)鼎盛，然中醫(yī)學(xué)院先由老西門遷至天津路，又遷成都路，物價騰漲，教師俱是同學(xué)及弟子行，都不便為生活而啟齒，然不能不為及時調(diào)整薪水……而求無不應(yīng)，此誠作育人才之苦志，及體貼人情之慷慨，試思1938——1945年八年間，獨立支撐，艱辛竭蹶，諸同事亦共濟同舟，休戚與共，此種辦學(xué)精神，值得大書一筆，以存歷史。”

另一所中醫(yī)學(xué)校上海中國醫(yī)學(xué)院，在原閘北的校舍失陷后，不久也在租界也擇地恢復(fù)辦學(xué)。并且規(guī)模也逐漸壯大。但學(xué)校也存在經(jīng)費問題，合資主辦者馬問我、朱文明等人因經(jīng)費不足，將學(xué)生們交納的學(xué)費和食宿費分掉，院長秦伯未憤而辭職，學(xué)生頻頻集會抗議。1940年5月，由該校畢業(yè)生組成的中國醫(yī)學(xué)院畢業(yè)同學(xué)會以吳克潛為首組成“中國醫(yī)學(xué)院護校委員會”，代理學(xué)院的各項行政工作，后朱鶴皋受邀出任院長，積極籌集經(jīng)費，整頓院務(wù)。雖然條件簡陋，有時甚至要在天井搭帳篷上課，但終究能維持辦學(xué)不輟。

另一間上海新中國醫(yī)學(xué)院在朱小南主持下也在租界堅持了下來，朱小南在為畢業(yè)生致辭時說：“吾人生不逢辰，罹茲多難。興邦之責(zé)，所在攸歸。……諸生研習(xí)醫(yī)學(xué)，與其局促于孤島，曷若效力于后方。蓋值此大戰(zhàn)孔殷之時，各地災(zāi)黎遍野，疾病尤多，醫(yī)藥救護，確實需人。誠能決心奔赴，定供不應(yīng)求。”（《新中國醫(yī)學(xué)院第三屈畢業(yè)紀念刊序》）鼓勵學(xué)生到后方效力。

除了老校，孤島時期還有時逸人先生新辦的復(fù)興中醫(yī)專科學(xué)校，張贊臣創(chuàng)辦的上海國醫(yī)專修學(xué)校等。

廣東與香港堅持聯(lián)合辦學(xué)

1938年10月廣州淪陷，廣州眾多中醫(yī)學(xué)校流散到香港，有部分繼續(xù)辦學(xué)，其中以廣東中醫(yī)藥專門學(xué)校規(guī)模較大。因為該校本來就是香港與廣州兩地藥商聯(lián)合創(chuàng)辦的，兩地校董各占一半。盡管該校在廣州的學(xué)校和醫(yī)院所有設(shè)施均損失迨盡，但到港的教員和學(xué)生不少，港方校董認為學(xué)校就此中輟的話太過可惜，于是慨然負擔(dān)經(jīng)費，著手在港復(fù)校。當(dāng)時租得跑馬地禮頓道37號為校址，是年1939年3月開始復(fù)課。學(xué)校不但招回流散學(xué)生，允許已屆畢業(yè)同學(xué)補考，還招收新生。學(xué)校并增設(shè)全免費、半免費學(xué)額數(shù)十名，學(xué)校指出：“當(dāng)?shù)貒y時期，莘莘學(xué)子，多從內(nèi)地而來，而港幣與國幣之比率，相去甚遠，以目前征費折合國幣，殊令人咋舌，是以一般青年雖有向?qū)W之心，而無繳費之力，望門興嘆者比比者。我校此舉，是不啻予貧苦學(xué)子以深造之良機也。”這全賴港方藥商經(jīng)費支持。學(xué)校采取靈活辦學(xué)機制，招收各類插班生，學(xué)制仍為五年。此外又特招旁聽生，凡有醫(yī)學(xué)常識者，不限年齡，不拘性別，均可投考，修業(yè)以一年為限。該校復(fù)課后，“新舊同學(xué)，負笈而來者，至為踴躍。人數(shù)雖稍遜于從前，而教授與同學(xué)間之感情，研究者與指導(dǎo)者之懇摯，實所罕覯。蓋當(dāng)此抗建時期，學(xué)者固欲學(xué)成致用，而教者亦欲為國育材也。”

醫(yī)學(xué)校須有實習(xí)場所，加上“難胞之來港，以地土關(guān)系，常易染病，求醫(yī)購藥，所費不貲，中下之家，張羅匪易”，于是港方藥商出資設(shè)立贈醫(yī)處，設(shè)內(nèi)、外、傷科，由學(xué)校教師擔(dān)任診癥，同學(xué)輪值到所實習(xí)，每日求診者達百數(shù)十人，“如是則學(xué)生之獲益固多，而造福難胞亦不淺也”。

然而好景不長，1941年12月，日軍攻陷香港，學(xué)校再度停辦。但校董們矢志辦學(xué)之心不渝，1944年計劃到戰(zhàn)時廣東省會韶關(guān)復(fù)課。可惜6月日軍發(fā)動“豫湘桂戰(zhàn)役”，連克河南、湖南，韶關(guān)告急，政府部門及民眾緊急疏散。復(fù)課之舉告停，抗戰(zhàn)勝利后才回廣州復(fù)校。

四川國醫(yī)學(xué)院后方育英才

四川國醫(yī)學(xué)院的前身是1925年益中醫(yī)學(xué)講習(xí)所（后改名四川中醫(yī)學(xué)院、四川醫(yī)學(xué)院），1936年起由中央國醫(yī)館四川省分館主辦，改名中央國醫(yī)館四川省分館國醫(yī)學(xué)院。學(xué)校原址在成都何公巷，后遷興禪寺街。抗日戰(zhàn)爭全面爆發(fā)后，作為大后方的四川雖未淪陷，但也不時遭遇日機轟炸，于是學(xué)院遷至成都郊外的元覺庵。

在戰(zhàn)時艱難的條件下，學(xué)校搭草房辦學(xué)，學(xué)生宿舍、教室、辦公室均設(shè)林中。師生不畏艱苦，刻苦學(xué)習(xí)，學(xué)校也老師薈萃，有李斯熾講《金匱》，承淡安授針灸等，值得一提的是，著名中醫(yī)彭子益在該院開設(shè)中醫(yī)系統(tǒng)學(xué)課程，這是其他學(xué)校所無的。彭子益清末在太醫(yī)院當(dāng)醫(yī)師，清亡后，受閻錫山聘請他到太原講學(xué)，開始形成他的“中醫(yī)系統(tǒng)學(xué)”思想，后來到南京中央國醫(yī)館任職并開辦研究班醫(yī)學(xué)|教育網(wǎng)整理，南京淪陷后回云南開辦兩期中醫(yī)系統(tǒng)學(xué)特別研究班，進一步完善理論，據(jù)載他“口講指授，罄其蘊而后已，猶不自滿。假敵機襲省垣，身外物不顧，獨于講稿珍之若性命。暇輒力加修改，期于至當(dāng)，為滇醫(yī)界樹百年大計”。最終到四川教學(xué)期間，彭子益完成該書的系統(tǒng)著述。1940年他在四川國醫(yī)學(xué)院定稿時說：“系統(tǒng)的古中醫(yī)學(xué)一書……于民國八年，受太原中醫(yī)改進研究會聘充理事并系統(tǒng)學(xué)教授后編成以上各篇。民國二十五年（1936年），經(jīng)陳立夫先生函薦，中央國醫(yī)館焦易堂館長聘充本館編審委員會系統(tǒng)學(xué)專任委員。兼附設(shè)特別研究班系統(tǒng)學(xué)教授，本班新舊同學(xué)，一致贊成。繼于昆明、成都教授時，又有增修……以競?cè)ρ伞?rdquo;

四川國醫(yī)學(xué)院還設(shè)有簡易診療所，并定時在臨近場鎮(zhèn)茶館里擺攤應(yīng)診，免費為群眾治病。在抗戰(zhàn)期間，該校共畢業(yè)五屆學(xué)生122人，1945年該校暫告停辦。后來1946年再復(fù)辦到1949年為止。