依據(jù)DNA的同源性和抗原構造將衣原體份為1屬4種。即衣原體屬分為：沙眼衣原體、肺炎衣原體、鸚鵡熱衣原體和獸類衣原體。

對人致病的主要是前三種衣原體，其中以沙眼衣原體最多見醫(yī)|學教育網(wǎng)搜集整理。

其中沙眼生物變種有A～K，其間另增亞型Ba、Da和Ia，共14個血清型；性病淋巴肉芽腫生物變種有L1、L2、L2a、L3四個血清。用單克隆抗體識別鸚鵡熱衣原抗原至少可分為8個血清型。肺炎衣原體只有1個血清型