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復旦大學藥學院創(chuàng)建于1936年，是我國辦學歷史悠久、學科齊全、師資力量雄厚的著名藥學院校之一。創(chuàng)立初期名為國立上海醫(yī)學院藥學專修科，繼后分別更名為國立上海醫(yī)學院藥科、國立上海醫(yī)學院藥學院、上海第一醫(yī)學院藥學系、上海醫(yī)科大學藥學院。2000年4月，原上海醫(yī)科大學與復旦大學合并，遂定名為復旦大學藥學院。復旦大學藥學院為國家首批博士學位授予單位并在1998年獲得藥學一級學科博士學位授予權，1999年建立藥學一級學科博士后流動站，2002年與生命科學學院聯(lián)合設立了國家生命科學與技術人才培養(yǎng)基地-生物醫(yī)藥點，2007年藥劑學科被遴選為國家重點學科，藥理學科被遴選為上海市重點學科。目前是全國高等醫(yī)學教育學會藥學教育研究分會副理事長單位醫(yī)學教育|網(wǎng)搜集整理。

藥學院下設藥物化學學科、藥劑學學科、藥理學學科和臨床藥學學科四大學科群，其中：藥物化學學科群主要由合成藥物化學、生物合成藥物化學、天然藥物化學和生藥學組成；藥劑學學科群主要由藥劑學、物理化學、放射藥學、藥物分析學組成；藥理學學科群主要由藥理學和生物化學組成；臨床藥學學科群主要由臨床藥學和藥事管理學組成。擁有一個本科實驗教學中心、七個技術支撐平臺（國家重大創(chuàng)制新藥專項綜合性大平臺、抗病毒藥物篩選與藥效評估技術平臺、新制劑與新釋藥系統(tǒng)技術平臺、GLP實驗動物中心和儀器測試中心、國家中醫(yī)藥管理局中藥制劑和中藥生藥分析三級實驗室）、衛(wèi)生部上海市臨床藥學研究與培訓中心、《中國臨床藥學雜志》社。現(xiàn)有教職員工134人，其中正高職稱教師（教授、研究員）23人，副高職稱教師（副教授、副研究員）27人。其中，博士生導師23名、碩士生導師25名。