大腸內(nèi)有許多細(xì)菌。細(xì)菌主要來自食物和空氣，它們由口腔入胃，最后到達(dá)大腸。大腸內(nèi)的酸堿度和溫度對(duì)一般細(xì)菌的繁殖極為適宜，細(xì)菌便在這里大量繁殖。細(xì)菌中含有能分解食物殘?jiān)拿浮Ｌ羌爸镜姆纸夥Q為發(fā)酵，其產(chǎn)物有乳酸、醋酸、二氧化碳、沼氣、脂肪酸、甘油、膽堿等。蛋白質(zhì)的細(xì)菌分解稱為腐敗，其產(chǎn)物有胨、氨基酸、氨、硫化氫、組胺、吲哚等，其中有的成分由腸壁吸收后到肝中解毒。

大腸內(nèi)的細(xì)菌能利用腸內(nèi)較為簡單的物質(zhì)合成維生素B復(fù)合物和維生素K，它們由腸內(nèi)吸收后，醫(yī)學(xué)教育|網(wǎng)搜集對(duì)人體有營養(yǎng)作用。

據(jù)估計(jì)，糞便中死的和活的細(xì)菌約占糞便固體重量的20-30%.