二次代謝的主要途徑，根據(jù)不同的起始原料，可分為以下五類：

①莽草酸（shikimic acid）途徑 生成芳香化合物（aromatics），如酚、氨基酸等。

②β－多酮（polyketides）途徑生成多炔類（polyalkynes）、多元酚 （polyphenol）、前列腺素（prostaglandins，PGs）、四環(huán)素（tetracyclins）、大環(huán)抗生素（macrolide）。

③甲羥戊酸（mevolonic acid）途徑醫(yī)學(xué)|教育網(wǎng)搜集整理生成萜類（terpenoids）、甾體（steroids）。

④氨基酸（amonoacid）途徑生成青霉素（peniciline）、頭孢菌素（cephloxine）、生物堿（alkaloids）。

⑤混合途徑 如氨基酸和甲羥戊酸生成吲哚生物堿（indole alkaloids），由β－多酮和莽草酸生成黃酮類（flavonoids）。