春秋戰(zhàn)國至秦漢時期，隨著治病經(jīng)驗的積累，受當時經(jīng)濟、文化、哲學的影響，我國醫(yī)學理論體系逐步形成，出現(xiàn)了《黃帝內(nèi)經(jīng)》、《難經(jīng)》、《傷寒雜病論》等重要醫(yī)學典籍。與此同時，藥物知識更加豐富，藥物理論初步形成，出現(xiàn)了專門記載藥物的著作——本草，和通曉藥物知識的專業(yè)人員。秦漢至魏晉南北朝是奠定中藥學發(fā)展基礎的重要時期，已有多種本草著作問世，其中影響最大的是《神農(nóng)本草經(jīng)》和《本草經(jīng)集注》。

　　《神農(nóng)本草經(jīng)》（簡稱《本經(jīng)》），作者不詳，可能非一人一時之作，而是經(jīng)歷了較長時期的撰寫、流傳、補充、完善的過程，大約成書于東漢年間，是中國現(xiàn)存最早的一部本草。醫(yī)`學教育網(wǎng)搜集整理該書先以“序例”簡述了本草學基本理論，包括五味、四性、有毒無毒及隨證的用藥原則；藥物配伍的“七情”；藥物的劑型選擇、服藥法以及藥物產(chǎn)地、采集等內(nèi)容，初步奠定了藥學理論的基礎。繼以上、中、下三品分類藥物，“三品”是按藥物的有毒與無毒、養(yǎng)生延年與祛邪治病的不同，對藥物的粗略分類。該書共載藥物365種，其中包括植物藥252種，動物藥67種，礦物藥46種。每一藥物記述了性味、有毒無毒、主治功用、別名、生境等。全書基本上分成了總論、各論兩大部分。所收載的藥物功用大多樸實有驗，如常山截瘧，黃連治痢，大黃瀉下，麻黃平喘，當歸調(diào)經(jīng)，阿膠止血，人參補虛，烏頭止痛，半夏止嘔，茵陳退黃等?！侗窘?jīng)》總結(jié)了漢以前的藥學成就，奠定了中藥學發(fā)展的基礎，對后世本草學具有深遠的影響。歷史上影響較大的綜合本草，都淵源于《本經(jīng)》而有所發(fā)展。

　　《本經(jīng)》原書早佚，現(xiàn)在見到的各種版本，均為明清以降本草學家根據(jù)《本草經(jīng)集注》殘卷、《新修本草》殘寫本及《證類本草》、《本草綱目》和其它著作中保存的《本經(jīng)》文字輯復而成。最早輯復者為南宋王炎《本草正經(jīng)》，已失傳。現(xiàn)存十多種輯復本中流傳較廣者有二孫本（清？孫星衍、孫馮翼輯）、顧本（清？顧觀光輯）、森本（日本森立之輯）。歷代醫(yī)家除了輯復《本經(jīng)》外，并作了大量的考證、?？薄⒆⑨尯桶l(fā)揮，形成了為數(shù)眾多的《本經(jīng)》系統(tǒng)本草。其中影響較大的有：明？繆希雍《本草經(jīng)疏》，清？徐大椿《神農(nóng)本草經(jīng)百種錄》，清？陳念祖《神農(nóng)本草經(jīng)讀》，清？鄒澍《本經(jīng)疏證》等。近年則有尚志鈞、王筠默、馬繼興、曹元宇等的輯復、校注本出版。

　　《本草經(jīng)集注》作者陶弘景，為南北朝時期著名的學問家、道教人物，晚年隱居茅山，時人敬為“山中宰相”。《本草經(jīng)集注》以陶弘景整理、訂正的《本經(jīng)》365種藥物為基礎，并增補“名醫(yī)副品”365種，加上陶弘景本人的注解和評議而成。“名醫(yī)副品”又稱“名醫(yī)別錄”，為陶弘景收集、整理漢代、魏晉諸名醫(yī)在多種《本經(jīng)》傳本中新增補的藥物資料撰寫而成。陶弘景在撰寫《本草經(jīng)集注》時，把輯入該書的、除《本經(jīng)》以外的有關資料稱為“名醫(yī)副品”，待該書撰成后，將這些新增補的資料全面匯集成書時則稱《名醫(yī)別錄》。《本草經(jīng)集注》共三卷，分上、中、下三品收載藥物，一般稱730種（實際當在此數(shù)以上），除補充、訂正《本經(jīng)》365種外，其余均為新增。記述藥物的內(nèi)容比較廣泛，除正名、性味、有毒無毒、主治、別名外，還記有產(chǎn)地、生境、采制等，少數(shù)藥物簡述藥材性狀或用法。對藥物性味、主治的記載更切合實際，還最早在藥物條目中記載了方劑，有較高的臨床實用價值。全書分序例和藥物兩部分。序例注釋了《本經(jīng)》的序例，并增補了許多藥物采收、鑒別、炮制和配制方法、諸病通用藥等，大大增強了對臨床用藥的指導意義。首創(chuàng)藥物自然屬性分類法，將藥物分為玉石、草木、蟲獸、果、菜、米食及有名未用7類，各類仍依《本經(jīng)》分為上、中、下三品。而諸病通用藥按所治81個病癥列舉藥物，實際上是對上述分類的補充，對藥物的功效分類方法有重要意義。陶弘景把《本經(jīng)》和“名醫(yī)副品”的藥物條文放在同等重要的地位，并以朱、墨分寫，朱寫《本經(jīng)》文，墨寫“名醫(yī)副品”文，僅以小字注文補充作者增添的內(nèi)容。這種朱墨分書、大小結(jié)合的編寫方式在綜合本草中一直延續(xù)到明代。它使有關本草文獻得以保持原貌?！侗静萁?jīng)集注》較全面地搜集、整理了古代藥物學的各種知識，條理分明、考訂嚴密，是漢魏以來本草學的一次較為全面的總結(jié)，并且標志著綜合本草模式的初步確立，對本草學的發(fā)展影響很大。

　　《本草經(jīng)集注》原書已佚，僅存殘卷。今人尚志鈞根據(jù)殘存及《證類本草》、《本草綱目》等輯復。

　　秦漢至南北朝時期，我國醫(yī)學理論體系形成，與之相應，本草出現(xiàn)，并為藥學的發(fā)展奠定了基礎。《神農(nóng)本草經(jīng)》為現(xiàn)存最早的藥學專著，已具備了綜合本草的雛形；《本草經(jīng)集注》補充、發(fā)展，確立了較為完善的綜合本草模式。至此，本草學從基本理論、藥物分類和藥物知識內(nèi)容均有了一定規(guī)模，初步形成體系，為本草學的發(fā)展充實打下了基礎，對后世影響極大。同期的其他本草，如淳于意《藥論》、《胎臚藥錄》、《李當之本草》、《李當之藥錄》、《吳普本草》、《藥對》等逐漸湮沒。

　　這一時期生產(chǎn)技術的發(fā)展帶動了制藥技術的進步。南朝劉宋時期雷敩著《炮炙論》，敘述藥物通過適宜的炮制，可以提高藥效，減輕毒性或烈性，系統(tǒng)總結(jié)了藥物的加工炮制技術，收錄了300種藥物的炮制方法，后世所稱炮制十七法，淵源于此。該書是我國第一部炮制專著，也標志著本草學新分支學科的產(chǎn)生。

　　制藥化學，隨著煉丹術的盛行，其發(fā)展引人注目。東晉煉丹家葛洪所著《抱樸子》對煉丹的方法與所取得的成果作了全面、系統(tǒng)的闡述，對硫、鉛、雄黃、丹砂、硝石作了認真的研究，不僅展示了許多化學反應，也介紹了燒灼、升華、結(jié)晶、蒸餾、水浴等操作技術。后來的陶弘景也精通煉丹術，并有許多專著。有許多煉丹術的成果反映在本草學中，一些藥物如鉛膏藥、丹藥來源于煉丹術。中國古代煉丹術成為現(xiàn)代制藥化學的先驅(qū)。