1、原料方面。由于生態(tài)環(huán)境日益惡化和過度開發(fā)，許多野生中藥材資源已經(jīng)不能滿足需求，甚至瀕臨滅絕，如野生人參、天麻、三七、冬蟲夏草、虎、豹、麝、熊等。而人工種植的中藥材由于藥農(nóng)缺乏藥學(xué)知識，隨意使用化肥，不進(jìn)行適時采收及合適的產(chǎn)地加工，出現(xiàn)種質(zhì)混雜、品種退化，重金屬、農(nóng)藥殘留超標(biāo)等質(zhì)量問題。此外，不適當(dāng)?shù)囊N也使許多藥材不具備地道性，如牛膝和野牛膝、白芷和大活等醫(yī)學(xué)`教育網(wǎng)搜集整理。

2、加工炮制方面中藥炮制是我國獨有的傳統(tǒng)制藥技術(shù)，中藥飲片是中藥材的炮制加工品，其質(zhì)量好壞直接關(guān)系到人民用藥的安全與療效。目前全國飲片切制或炮制規(guī)程還沒有完全統(tǒng)一的標(biāo)準(zhǔn)通則可依。如切制的中藥飲片規(guī)格片類、絲類、段類及各種用輔料炮制炒制的標(biāo)準(zhǔn)工藝，即使現(xiàn)在已有規(guī)定標(biāo)準(zhǔn)也是參差不等，存在較大差異，使飲片在臨床應(yīng)用的療效受到很大的影響。

3、中藥飲片形式傳統(tǒng)飲片系指目前國家和地方標(biāo)準(zhǔn)中收載的，能直觀鑒別出品種的飲片。其不足之處為配方時劑量欠準(zhǔn)確，用量大且需煎煮，飲片厚大，有效成分煎出率低，包裝簡陋，容易串味，質(zhì)量影響因素多，本身及環(huán)境衛(wèi)生差，配方工作強度大、速度慢、出錯率高及難以自動化調(diào)劑等。

4、中藥飲片生產(chǎn)企業(yè)中藥飲片產(chǎn)業(yè)基礎(chǔ)差，技術(shù)改造起步晚，是中藥各產(chǎn)業(yè)中最薄弱的環(huán)節(jié)，整體產(chǎn)業(yè)水平還很低，表現(xiàn)在生產(chǎn)企業(yè)多，規(guī)模小，效益低，技術(shù)開發(fā)和創(chuàng)新能力弱，生產(chǎn)工藝和設(shè)備落后，管理不規(guī)范等問題。絕大多數(shù)中藥飲片生產(chǎn)企業(yè)是作坊式的加工點，生產(chǎn)條件簡陋，生產(chǎn)、質(zhì)量檢測設(shè)備落后，企業(yè)的現(xiàn)代經(jīng)營管理經(jīng)驗及專業(yè)技術(shù)人才缺乏，以致藥材的有效成分流失，飲片質(zhì)量難以保證。

5、中藥飲片包裝包裝是商品儲存、運輸、流通中保證商品質(zhì)量，使其不受污染的手段。而傳統(tǒng)飲片包裝簡陋，主要為麻袋、草（蒲、席）包、布袋、化纖袋，容易串味，鮮有內(nèi)包裝、說明及批號，缺乏統(tǒng)一規(guī)格。

6、中藥飲片市場近年來，由于缺乏質(zhì)量監(jiān)督手段和市場管理不嚴(yán)，中藥飲片市場規(guī)范程度一直很低，以次充好、以假亂真、價格欺詐現(xiàn)象時有發(fā)生，如以“參薯”充“山藥”，以“黨參子”充“車前子”，以“虎刺”充“巴戟天”等。

7、中藥飲片調(diào)配方式中藥調(diào)配自宋代以來，一直以戥秤逐一稱量調(diào)配為主，這種調(diào)配作業(yè)方式在一定歷史條件下應(yīng)該說是可行的，是有歷史功績的。但隨著社會的進(jìn)步，其弊端已逐步顯現(xiàn)出來，如工作人員站立作業(yè)，往返頻繁走動，勞動負(fù)荷重；藥物散包存放，在群體作業(yè)過程中造成空氣污染嚴(yán)重，室內(nèi)“臟、亂、差”的現(xiàn)象較常見，藥劑人員的形象和藥劑工作應(yīng)有的學(xué)術(shù)氛圍均受到破壞，使藥劑人員的身心健康長時間受到損害。同時，分劑量不準(zhǔn)，藥物混包后難以查對，藥物錯、漏難以發(fā)現(xiàn)和糾正，且調(diào)配操作和病人候藥時間長，占用人力過多。

8、人力資源方面盡管中藥飲片的傳統(tǒng)優(yōu)勢在中國，但中國科技隊伍力量薄弱，人才外流嚴(yán)重，炮制專業(yè)人員更少，甚至面臨后繼乏人的局面。新技術(shù)、新方法的引入如生物技術(shù)、信息技術(shù)等現(xiàn)代高新技術(shù)在中藥飲片科技中尚未引起足夠的重視，從業(yè)人員不多。