鑒別診斷包括基底細(xì)胞癌，脂溢性角化癥，發(fā)育不良痣，藍(lán)痣，皮膚纖維瘤，各種型別的痣，血管瘤（特別是手和足），靜脈湖，化膿性肉芽腫和疣。如果有疑問(wèn)，必須進(jìn)行稍超出病損的全層皮膚活檢。對(duì)小病損行切除活檢，對(duì)較大病損行切開活檢。連續(xù)切片活檢能確定黑素瘤的浸潤(rùn)深度，徹底的根治性手術(shù)必須在有明確的組織學(xué)診斷以后才可進(jìn)行。

色素性損害需要切除或活檢的標(biāo)準(zhǔn)有：病損近期增大，變黑，出血或潰瘍變。但是，以上癥狀常表示黑素瘤已侵入皮膚深層。當(dāng)皮損出現(xiàn)顏色改變（如褐色或黑色混有紅，白或藍(lán)色背景），可見到或能觸及的不規(guī)則隆起，邊緣呈角形鋸齒或有切跡，則應(yīng)對(duì)皮損立即進(jìn)行活檢，能作出早期診斷。對(duì)于色素性損害用皮膚鏡（一種改良的浸油的眼鏡）檢查有助于區(qū)別黑素瘤和良性病損。

組織學(xué)判斷治療和預(yù)后主要通過(guò)顯微鏡觀測(cè)黑素瘤組織學(xué)上的浸潤(rùn)深度而決定。組織學(xué)分級(jí)需要進(jìn)行充分的活檢。中樞神經(jīng)系統(tǒng)和甲床下黑素瘤一般不用這些系統(tǒng)進(jìn)行分類。

淋巴細(xì)胞的浸潤(rùn)深度反映了患者的免疫應(yīng)答系統(tǒng)，與浸潤(rùn)的程度及預(yù)后有關(guān)。如果淋巴細(xì)胞僅在大多數(shù)表淺病損中浸潤(rùn)，則治愈的機(jī)會(huì)較大，反之，隨著浸潤(rùn)的深度的增加，治愈的機(jī)會(huì)明顯下降。