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微小RNA的人體之旅

2012-09-06 13:42  來(lái)源:醫(yī)學(xué)教育網(wǎng)    打印 | 收藏 |
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  研究人員估計(jì),在哺乳動(dòng)物的基因中,約有30%左右的編碼蛋白質(zhì)的基因受到微小RNA的調(diào)控。

  植物中所含微小RNA能夠通過(guò)消化道進(jìn)入人體血液和器官組織,然后通過(guò)調(diào)控靶基因表達(dá)的方式,影響人的生理功能。這意味著日常飲食可以直接影響人體內(nèi)的基因表達(dá)。

  2007年的一天,正在南京大學(xué)讀博的陳熹被導(dǎo)師布置了一個(gè)實(shí)驗(yàn),去檢測(cè)人的血清中是否含有微小核糖核酸(microRNA)。陳熹當(dāng)時(shí)就認(rèn)為導(dǎo)師瘋了,因?yàn)檫@完全違背了他所學(xué)到的生物學(xué)常識(shí):人的血清中含有許多RNA的降解酶,因而不可能有完整的RNA存在,至多只是一些碎片。他在師弟師妹面前把自己的導(dǎo)師“批判”了一番,然后就把這個(gè)任務(wù)扔在了一邊。

  直到兩個(gè)星期后的一個(gè)早晨,陳熹的導(dǎo)師張辰宇堵到了他,再次要求他去做這個(gè)實(shí)驗(yàn)。陳熹回避不開,只好去做。結(jié)果這個(gè)實(shí)驗(yàn)一做,陳熹變得比他的導(dǎo)師都更瘋狂了,曾經(jīng)連續(xù)三天三夜泡在實(shí)驗(yàn)室里。他得到了一些令人難以置信的結(jié)果。

  他們最新的一項(xiàng)研究發(fā)表在近期的《細(xì)胞研究》上,這項(xiàng)研究發(fā)現(xiàn),植物所含有的微小RNA能夠通過(guò)消化道進(jìn)入人體血液和器官組織,然后通過(guò)調(diào)控人體內(nèi)靶基因表達(dá)的方式,影響人的生理功能。他們已經(jīng)發(fā)現(xiàn)了至少一種情況,微小RNA能夠通過(guò)這種方式影響人體健康:進(jìn)食過(guò)多的大米會(huì)增加患代謝紊亂綜合征的可能。這倒令人想起孫悟空變成一只小蟲子鉆進(jìn)鐵扇公主肚子的故事,盡管最后的結(jié)果與肚子疼無(wú)關(guān)。

  這樣的一個(gè)發(fā)現(xiàn)引起了許多生物學(xué)研究者的極大興趣。同樣研究微小RNA的美國(guó)俄亥俄州立大學(xué)的克萊。馬什(Clay Marsh)教授認(rèn)為張辰宇等人的這項(xiàng)工作“非常令人激動(dòng)”,它表明我們?nèi)粘5娘嬍衬軌蛑苯佑绊戵w內(nèi)的基因表達(dá)。

  用南京大學(xué)張辰宇教授的話來(lái)說(shuō),這項(xiàng)發(fā)現(xiàn)為中國(guó)諸如“吃什么補(bǔ)什么”、“一方水土養(yǎng)一方人”這些俗話提供了科學(xué)上的注腳。

  微小RNA與人體疾病

  科學(xué)家發(fā)現(xiàn)微小RNA并不是很久之前的事情。1993年,哈佛大學(xué)的羅莎琳德。李(Rosalind Lee)等人在《細(xì)胞》雜志上發(fā)表論文,稱在線蟲中發(fā)現(xiàn)了控制幼蟲發(fā)育的“lin-4基因”所編碼產(chǎn)生的短小RNA,這種RNA可以與lin-14基因產(chǎn)生的mRNA結(jié)合,并抑制它的功能,使它無(wú)法被翻譯,最終控制LIN-14蛋白質(zhì)的產(chǎn)生。這是人們首次發(fā)現(xiàn)微小RNA對(duì)于生物體基因表達(dá)的調(diào)節(jié)作用。

  微小RNA是一種由19-24個(gè)核苷酸組成的非編碼RNA,它不能被翻譯并最終生成蛋白質(zhì),而是一種在進(jìn)化上比較保守的“基因調(diào)控者”。

  在過(guò)去的10年里,微小RNA的研究已經(jīng)成為了一個(gè)熱點(diǎn)。僅僅是在2000年到2003年的短短三年時(shí)間里,研究人員就陸續(xù)發(fā)現(xiàn)了微小RNA的以下功能:控制細(xì)胞的增殖、凋亡;調(diào)節(jié)蒼蠅的脂肪代謝;調(diào)節(jié)哺乳動(dòng)物造血系統(tǒng)功能;控制植物葉與花的發(fā)育等。而據(jù)計(jì)算機(jī)模擬推測(cè)的結(jié)果,以上這些可能只是微小RNA所具備的功能的冰山之一角。研究人員估計(jì),在哺乳動(dòng)物的基因中,約有30%左右的編碼蛋白質(zhì)的基因受到微小RNA的調(diào)控。

  2002年,美國(guó)《科學(xué)》雜志把微小RNA的研究評(píng)為了當(dāng)年的“年度重大突破”。到2005年,研究人員已經(jīng)在人體中發(fā)現(xiàn)了兩百多種微小RNA.并且,人們也逐漸認(rèn)識(shí)到,微小RNA可以調(diào)控腫瘤的形成,可以與慢性淋巴細(xì)胞性白血病有關(guān),還可能與人類老年癡呆癥和某些中樞神經(jīng)功能紊亂有關(guān)。

  小片段的大作用

  張辰宇的研究就是從這里開始的。當(dāng)時(shí)人們已經(jīng)知道了微小RNA與腫瘤形成有關(guān),張辰宇于是想到,是否有可能把微小RNA作為一種標(biāo)記物來(lái)診斷腫瘤。在腫瘤的早期診斷中,如果能在血清中發(fā)現(xiàn)微小RNA的話,那么它就有可能成為無(wú)創(chuàng)傷性的新的生物標(biāo)記物。這就是為什么他會(huì)想到讓陳熹去做那個(gè)“瘋狂”的實(shí)驗(yàn)。

  在實(shí)驗(yàn)中,張辰宇瘋狂的念頭不但被證實(shí)了,而且微小RNA就像是指紋一樣,在血清中的不同組合對(duì)應(yīng)于不同的疾病。“這種組合可以早期診斷各種疾病。”張辰宇說(shuō),“現(xiàn)在很多疾病分亞型,判斷疾病的復(fù)發(fā),判斷死亡率,還有個(gè)體化治療,微小RNA都可以提供幫助。”

  2008年9月初,張辰宇等人在《細(xì)胞研究》上發(fā)表了他們的研究結(jié)果。幾乎在同一時(shí)間,一個(gè)以色列的研究組和一個(gè)美國(guó)的研究組也分別獨(dú)立發(fā)表了相同結(jié)論的文章。三者相互印證。

  不過(guò),新的發(fā)現(xiàn)也帶來(lái)了一個(gè)新的疑問(wèn):血清中的這些微小RNA是從哪里來(lái)的?它們是從破碎的細(xì)胞里出來(lái)的呢,還是完整的細(xì)胞能夠分泌出微小RNA?張辰宇從他的研究領(lǐng)域——內(nèi)分泌代謝——出發(fā),認(rèn)為是從細(xì)胞中分泌的。但究竟是以何種方式分泌出來(lái),比如是直接分泌還是通過(guò)某種載體,他仍不得頭緒。

  一次偶然的機(jī)會(huì),張辰宇在上海參加一次學(xué)術(shù)會(huì)議的過(guò)程中,聽到了一個(gè)新的概念——微小囊泡。他感到茅塞頓開,夜里11點(diǎn)半打電話給他的合作者、南京大學(xué)的曾科教授:“是不是微小囊泡就是那個(gè)載體?”曾科聽到這話也激動(dòng)起來(lái),微小囊泡正屬于他的研究領(lǐng)域,他當(dāng)下就認(rèn)為他們可以立即做實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證。

  第二天,張辰宇還沒有回到南京,陳熹就已經(jīng)接到電話開始離心提取微小囊泡了。張辰宇回到實(shí)驗(yàn)室的時(shí)候,曾科和陳熹都在那里等著他,他們告訴張辰宇,微小囊泡提取出來(lái)了,做了分析,含有很多的微小RNA.

  一個(gè)一個(gè)的點(diǎn)開始連接成線。所有的細(xì)胞,首先能夠選擇性地把特定的微小RNA包裹到微小囊泡中去,當(dāng)細(xì)胞受到刺激的時(shí)候,細(xì)胞就會(huì)把這些包含微小RNA的微小囊泡分泌到循環(huán)系統(tǒng)中,或者是細(xì)胞外。

  然后,這些微小囊泡能夠把微小RNA再運(yùn)送到靶細(xì)胞內(nèi),釋放出微小RNA,作用于靶細(xì)胞內(nèi)的微小RNA的靶基因,從而調(diào)控靶細(xì)胞的生理學(xué)或生物學(xué)功能及狀態(tài)。

  “我們發(fā)現(xiàn)了細(xì)胞能夠分泌微小RNA,把已知的細(xì)胞間的信號(hào)傳導(dǎo)機(jī)制從‘固定電話’變成了‘手機(jī)’。”張辰宇形容說(shuō),“原來(lái)是特定的細(xì)胞能夠分泌一些激素或者細(xì)胞因子,特定細(xì)胞有受體再接受,現(xiàn)在變成是所有的細(xì)胞都有這個(gè)能力分泌,只要受到刺激。”

  “相信我,今后的五年十年,這個(gè)會(huì)變得特別地?zé),在血清中發(fā)現(xiàn)微小RNA會(huì)變成教科書上每一個(gè)疾病的診斷信息之一。”張辰宇說(shuō),“比如說(shuō)Ⅱ型糖尿病的某一個(gè)亞型,它的微小RNA是怎么樣的……”

  吃下的不僅僅是米

  但故事還沒有結(jié)束,更令人驚訝的事情在后面。

  他們?cè)诜治鑫⑿NA的時(shí)候做了一項(xiàng)叫做“深度測(cè)序”的工作。比如說(shuō),他們將50毫升的人的血清中的RNA提取出來(lái),然后把30個(gè)核苷酸以下的RNA片段全部測(cè)序。一般來(lái)說(shuō),這能夠得到數(shù)百萬(wàn)個(gè)片段,然后他們分析哪些是已知的微小RNA,哪些是破碎的RNA片段。

  他們發(fā)現(xiàn),這些RNA片段中有一些是植物的微小RNA,而且是100%來(lái)自植物——如果它包含22個(gè)核苷酸,那么22個(gè)核苷酸就全都和植物一樣。并且,同樣的微小RNA會(huì)有數(shù)以千計(jì)的拷貝。

  這對(duì)研究人員來(lái)說(shuō)顯得非常奇怪,或者也可以說(shuō)瘋狂:假設(shè)人們進(jìn)食植物之后,有些RNA由于某種原因沒有被消化掉,進(jìn)到了人的血液中去,那也更可能是碎片,而且碎片不可能在所有人的樣本里頭都具有相當(dāng)高的濃度,有那么多的拷貝數(shù)。另外,他們發(fā)現(xiàn)的微小RNA和人的全部的基因組相比對(duì),沒有100%相同的。這就完全排除了微小RNA是內(nèi)源性的人的某個(gè)RNA片斷。

  這些微小RNA一定來(lái)自于植物,而且唯一的途徑是通過(guò)食物。這是張辰宇很快就意識(shí)到的一點(diǎn),但實(shí)驗(yàn)并沒有立即往下做。當(dāng)時(shí)正值三聚氰胺事件鬧得沸沸揚(yáng)揚(yáng),滿腦子都是微小RNA的張辰宇想到,似乎可以通過(guò)檢測(cè)牛奶中的微小RNA的濃度來(lái)鑒定牛奶的質(zhì)量。因?yàn)閹缀醪豢赡苋藶榈赝D讨屑尤胛⑿NA,因而一旦檢測(cè)出微小RNA的濃度偏小,就表明牛奶質(zhì)量有問(wèn)題。曾科去做了實(shí)驗(yàn)以后發(fā)現(xiàn),牛奶中微小RNA的濃度比血清中的還要高。

  此時(shí),張辰宇另外兩名學(xué)生在小鼠身上做的實(shí)驗(yàn)讓事情的方向明朗起來(lái)。他們做了一系列的實(shí)驗(yàn)來(lái)探究血清中的微小RNA是否確實(shí)來(lái)自食物。他們先后喂給小鼠線蟲和果蠅,這是兩種富含微小RNA的動(dòng)物,但都沒有在小鼠的血液中檢測(cè)到相應(yīng)的微小RNA.接下來(lái),他們給小鼠喂了大米。

  他們喂給小鼠的,就是中國(guó)華東地區(qū)的人們最常吃的大米。結(jié)果,他們?cè)谛∈蟮难逯袡z測(cè)到了來(lái)自大米的微小RNA.這讓他們更加確信,植物的微小RNA可以通過(guò)日常進(jìn)食進(jìn)入人體。事實(shí)上,編號(hào)為168a的植物微小RNA既在稻米中富含,也是中國(guó)人血清中含量最為豐富的植物微小RNA.

  這表明,我們吃飯不僅僅是攝入的碳水化合物和蛋白質(zhì)等“食物”,也攝入了“信息”,即微小RNA的序列特征。

  由此帶來(lái)的后果之一就是,編號(hào)為168a的植物微小RNA可以結(jié)合人體內(nèi)某種連接蛋白的mRNA,抑制其在肝臟的表達(dá),進(jìn)而減緩低密度脂蛋白從血漿中的清除,最終引起代謝性疾病。

  在實(shí)驗(yàn)中,研究人員給小鼠喂的是生米,而人類日常進(jìn)食吃的是熟米,食物經(jīng)過(guò)加熱之后是否會(huì)破壞其微小RNA呢?張辰宇指出,煮過(guò)的米飯中仍然含有很多微小RNA,經(jīng)過(guò)油炸才能破壞掉大部分的微小RNA.

  他們還發(fā)現(xiàn),中藥在經(jīng)過(guò)煎煮之后,藥湯里的微小RNA的濃度很高。給小鼠喂藥之后24小時(shí),就發(fā)現(xiàn)小鼠肺部相應(yīng)的微小RNA濃度增高。他們認(rèn)為,這些發(fā)現(xiàn)為在傳統(tǒng)的中草藥中發(fā)現(xiàn)一類全新的活性分子提供了依據(jù)。

  對(duì)于生物學(xué)來(lái)說(shuō),更大的意義可能在于,這些研究為我們理解跨“界”的相互作用提供了新的線索。“動(dòng)物、植物之間如何的借著微小RNA互相調(diào)控的?大家說(shuō)不定共進(jìn)化(co-evolution)了。”張辰宇說(shuō)。

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