2、心力衰竭：以心力衰竭為主要表現(xiàn)伴有低熱或無發(fā)熱者，應(yīng)與心臟病并發(fā)心力衰竭相鑒別。

3、風(fēng)濕性心肌炎：活動性風(fēng)濕性心肌炎與本病的鑒別較困難，因二者均可有發(fā)熱、貧血、血沉增快以及心臟損害，但如有栓塞、脾大、血尿、杵狀指及血培養(yǎng)陽性，特別是二維超聲心動圖檢查發(fā)現(xiàn)有較大贅生物，則支持感染性心內(nèi)膜炎的診斷醫(yī)學(xué)|教育網(wǎng)搜集整理。

4、左房黏液瘤：有時本病和左房黏液瘤不易鑒別，但感染性心內(nèi)膜炎患兒贅生物出現(xiàn)在左心房內(nèi)少見。

5、手術(shù)后心內(nèi)膜炎，需與下列兩種疾病相鑒別：

（1）心包切開綜合征：發(fā)生于切開心包的心臟手術(shù)后數(shù)天至數(shù)周，表現(xiàn)為發(fā)熱，胸痛，心包腔和（或）胸腔積液，白細(xì)胞增多，血沉增快，有時發(fā)生心包填塞，需行心包穿刺排出積液。本癥為自限性疾病，口服阿司匹林或激素有效。

（2）術(shù)后灌注綜合征：多于體外循環(huán)后3～6周發(fā)病，臨床表現(xiàn)有發(fā)熱、納差、肝脾大、胸腔積液及不典型淋巴細(xì)胞增多等。本癥因術(shù)中用血時巨細(xì)胞包涵體病毒污染所致，亦為自限性疾病。治療方法與心包切開綜合征相同。