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革蘭陽性菌和革蘭陰性菌的細胞壁結構顯著不同（見下表）。革蘭陽性細菌細胞壁較厚，肽聚糖含量豐富，各層肽聚糖之間通過五肽交聯(lián)橋與四肽側鏈交聯(lián)，構成三維立體網格，使細胞壁堅韌致密。與此相比，革蘭陰性菌細胞壁較薄，肽聚糖含量少，而且肽聚糖層之間由四肽側鏈直接交聯(lián)，形成二維結構。除染色性外，兩者在抗原性、毒性、對某些藥物的敏感性等方面都有很大差異。

革蘭陽性菌與陰性菌細胞壁結構比較

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