整個(gè)消化管管壁可清楚地分為幾層，其組成如下：

粘膜

粘膜是中空器官的內(nèi)膜。將管腔內(nèi)容物與腸壁內(nèi)部結(jié)構(gòu)分隔開(kāi)，由上皮層、固有層和粘膜肌層組成。

食管和末端肛管的上皮為鱗狀上皮，其余消化道粘膜由柱狀上皮細(xì)胞組成。在不同的器官，這些細(xì)胞的結(jié)構(gòu)也不相同。

上皮層下的粘膜固有層中有毛細(xì)血管網(wǎng)、淋巴管和腸相關(guān)淋巴組織的免疫細(xì)胞，是抵御病原體侵襲的第一道重要防線(xiàn)。

粘膜下層

粘膜下層位于粘膜下。粘膜肌層是一層薄的肌肉，將粘膜層和粘膜下層分隔開(kāi)。粘膜下層含有血管、淋巴管和稱(chēng)之為粘膜下神經(jīng)叢（Meissner神經(jīng)叢）的神經(jīng)網(wǎng)。在食管，此層還包含分泌粘液的腺體。

肌層

腸壁的肌肉包括數(shù)層肌纖維，每層肌纖維排列方向不相同。大部分消化器官有兩層肌肉，內(nèi)環(huán)肌和外縱肌。但胃例外，其還有一層斜行??；結(jié)腸也較特殊，其外縱肌層沿結(jié)腸縱軸形成三條分散的肌帶（結(jié)腸帶）。

肌層的神經(jīng)網(wǎng)稱(chēng)為腸肌間神經(jīng)叢（Auerbach神經(jīng)叢），位于環(huán)行肌與縱行肌之間。

除了包含上食管括約肌（UES）的近段食管，及包含肛門(mén)外括約肌的遠(yuǎn)段肛管兩者的肌層是由橫紋肌纖維組成之外，胃腸道肌肉一般是由平滑肌纖維組成的。

外層/漿膜

漿膜是一層結(jié)締組織，構(gòu)成消化器官的外層。胃和小腸的漿膜與腹膜（一層漿膜）相延續(xù)。