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手足口病是全球性傳染病，世界大部分地區(qū)均有此病流行的報道。1957年新西蘭首次報道該病。1958年分離出柯薩奇病毒，1959年正式命名手足口病。1969年EV71在美國被首次確認。此后EV71感染與CoxA16感染交替出現(xiàn)，成為手足口病的主要病原體。

20世紀70年代中期，保加利亞、匈牙利相繼暴發(fā)以中樞神經(jīng)系統(tǒng)為主要臨床特征的EV71流行，1975年保加利亞報告病例750例，其中149人致癱，44人死亡。1994年英國發(fā)生一起由CoxA16引起的手足口病暴發(fā)，患者大多為1～4歲嬰幼兒，大部分病人癥狀較輕。20世紀90年代后期，EV71開始東亞地區(qū)流行。1997年馬來西亞發(fā)生了主要由EV71引起的手足口病流行，4～8月共有2628人發(fā)病，4～6月有29例病人死亡。

我國于1981年上海首次報道本病，此后，北京、河北、天津、福建、吉林、山東、湖北、青海和廣東等10幾個省份均有本病報道。1983年天津發(fā)生CoxA16引起的手足口病暴發(fā)，5～10月間發(fā)生了7000余病例。經(jīng)過2年低水平散發(fā)后，1986年再次暴發(fā)。

1998年我國臺灣地區(qū)發(fā)生EV71感染引起的手足口病和皰疹性咽峽炎流行，監(jiān)測哨點共報告129106例病例。當(dāng)年共發(fā)生重癥病人405例，死亡78例，大多為5歲以下的幼兒。重癥病例的并發(fā)癥包括腦炎、無菌性腦膜炎、肺水腫或肺出血、急性軟癱和心肌炎。

手足口病流行無明顯的地區(qū)性。一年四季均可發(fā)病，以夏秋季多見，冬季的發(fā)病較為少見。該病流行期間，可發(fā)生幼兒園和托兒所集體感染和家庭聚集發(fā)病現(xiàn)象。