上海醫(yī)藥工業(yè)研究院創(chuàng)建于1957年，曾隸屬于化工部、國家醫(yī)藥局、國家藥監(jiān)局，2000年10月轉(zhuǎn)制為國有重要骨干企業(yè)，先后隸屬于中央企業(yè)工委、國務(wù)院國有資產(chǎn)監(jiān)督管理委員會(huì)、中國國藥集團(tuán)公司，2001年7月工商注冊(cè)登記，注冊(cè)資金3692萬元，現(xiàn)為中國醫(yī)藥工業(yè)研究總院的成員企業(yè)。

2010年4月，經(jīng)報(bào)國務(wù)院批準(zhǔn)，上海醫(yī)藥工業(yè)研究院整體并入中國醫(yī)藥集團(tuán)總公司，成為其全資子企業(yè)。至此，國資委履行出資人職責(zé)的企業(yè)由127戶調(diào)整為126戶。

2010年12月，醫(yī)學(xué)教育|網(wǎng)搜集整理由上海醫(yī)藥工業(yè)研究院、四川抗菌素工業(yè)研究所、上海現(xiàn)代制藥股份有限公司、藥物制劑國家工程研究中心、國家（上海）新藥安全評(píng)價(jià)研究中心、中國醫(yī)藥工業(yè)信息中心等6家國內(nèi)知名的科研與產(chǎn)業(yè)化機(jī)構(gòu)整合而成的中國醫(yī)藥工業(yè)研究總院。