南京中醫(yī)藥大學(xué)藥學(xué)院是國家最早建立的高等中藥教育院（系）之一，在國內(nèi)享有較高的知名度，在國外亦具有一定影響。藥學(xué)院的前身為中藥系，1995年更名為中藥學(xué)院，2000年更名為藥學(xué)院，現(xiàn)任院長為吳皓院長。

藥學(xué)院經(jīng)過48年的建設(shè)和發(fā)展，藥學(xué)教育取得了較大的發(fā)展，現(xiàn)為中國自然資源學(xué)會藥用資源專業(yè)委員會、江蘇省中醫(yī)藥學(xué)會藥學(xué)分會和江蘇省方劑研究重點實驗室掛靠單位。設(shè)有中藥學(xué)、藥學(xué)、藥理學(xué)和藥物化學(xué)四個系，內(nèi)含基礎(chǔ)化學(xué)、藥物分析、藥物化學(xué)、藥理學(xué)、中藥資源學(xué)、中藥鑒定學(xué)、中藥炮制學(xué)、藥劑學(xué)、藥事管理學(xué)、制藥工程學(xué)、生物制藥學(xué)、臨床藥學(xué)等十二個教研室和一個藥學(xué)（化學(xué)）省級實驗教學(xué)示范中心，同時還設(shè)有藥物研究所、新藥研究開發(fā)中心、儀器測試中心及中藥標(biāo)本館醫(yī)學(xué)|教育網(wǎng)搜集整理。藥學(xué)院現(xiàn)設(shè)有五個本科專業(yè)（中藥學(xué)、藥學(xué)、制藥工程、藥物制劑、中藥資源與開發(fā)）和五個本科專業(yè)方向（中藥藥理學(xué)、臨床藥學(xué)、食品與藥品檢測、生物制藥、中藥制藥），其中中藥學(xué)學(xué)科為國家重點學(xué)科，國家教育部一類特色專業(yè)建設(shè)點，中藥制藥學(xué)學(xué)科為國家中醫(yī)藥管理局重點學(xué)科，中藥炮制學(xué)為江蘇省精品課程。