溫州醫(yī)科大學藥學院創(chuàng)辦于2001年。同年9月開始招收藥學專業(yè)本科生；2004年招收中藥專業(yè)本科學生；2008年開始招收制藥工程專業(yè)本科學生。

擁有藥學和中藥學一級學科碩士點、中藥學專業(yè)學位碩士點、二級學科博士點。2003年成立溫州醫(yī)學院基礎課（分析測試）實驗教學示范中心，并在2007年被評為浙江省實驗教學示范中心，2010年藥學實驗教學中心被評為浙江省實驗教學示范中心。2005年建立國家新藥開發(fā)工程技術研究中心制劑工程研究基地。2006年分別建立基因工程藥物國家工程研究中心中試研究基地、教育部生物反應器與藥物開發(fā)工程研究中心中試實驗室、浙江省浙南特色中藥重點實驗室；承擔中國醫(yī)藥質量管理協會GAP工作委員會的工作；2007年成立浙江省生物技術制藥工程重點實驗室。2008年藥理學與生化藥學被列為浙江省“重中之重”學科，中藥學學科被評為溫州市重點學科。醫(yī)學|教育網搜集整理三年來，榮獲國家技術發(fā)明二等獎1項、國家科技進步二等獎1項、中華醫(yī)學科技一等獎1項、中國藥學會科技一等獎1項、吳階平醫(yī)學研究獎-保羅楊森藥學研究獎二等獎1項。