南京中醫(yī)藥大學(xué)研究生院研究生教育始于1979年，首批招收20名碩士研究生。1981年被國(guó)務(wù)院批準(zhǔn)為全國(guó)首批具有碩士學(xué)位、博士學(xué)位授權(quán)的單位之一，中醫(yī)內(nèi)科學(xué)成為全國(guó)首批博士學(xué)位授予專業(yè)，另有中醫(yī)基礎(chǔ)理論等八個(gè)專業(yè)具備碩士學(xué)位授予權(quán)。

1995年經(jīng)國(guó)家人事部批準(zhǔn)，醫(yī)學(xué)教|育網(wǎng)搜集整理本校設(shè)立第一個(gè)中醫(yī)學(xué)博士后科研流動(dòng)站。同年9月，招收了我國(guó)第一位針灸專業(yè)博士后。1997年南京中醫(yī)藥大學(xué)與日本國(guó)立富山醫(yī)科藥科大學(xué)簽訂了聯(lián)合培養(yǎng)中藥專業(yè)研究生協(xié)議書，開創(chuàng)了與國(guó)外大學(xué)聯(lián)合培養(yǎng)研究生的模式；1998年南京中醫(yī)藥大學(xué)研究生院成為全國(guó)首批臨床醫(yī)學(xué)博士、碩士學(xué)位試點(diǎn)單位；2002年獲國(guó)家首批開展非醫(yī)學(xué)專業(yè)本科畢業(yè)生攻讀中醫(yī)學(xué)碩博連讀研究生的試點(diǎn)。