學校設有9個系、部，3個二級學院，有中醫(yī)骨傷科學、中西醫(yī)結合臨床2個博士學位授權點，中醫(yī)學、中藥學、中西醫(yī)結合3個一級學科碩士學位授權點，18個二級學科碩士學位授權點；有中醫(yī)學、七年制中醫(yī)學、針灸推拿學、中西醫(yī)臨床醫(yī)學、臨床醫(yī)學、醫(yī)學影像學、藥學、中藥學、藥物制劑、制藥工程、市場營銷、護理學、公共事業(yè)管理、應用心理學等14個本科專業(yè)�，F有全日制在校生8472人，其中研究生873人。

全校現有教職醫(yī)護員工2462人（含直屬附屬單位），其中副高以上專業(yè)技術人員355人，博士生導師30人、碩士生導師282人；擁有一批國家級名老中醫(yī)學術繼承人指導老師、國家有突出貢獻的中青年專家、福建省優(yōu)秀專家、國務院津貼專家等，師資力量雄厚。2002年12月，學校在教育部組織的第一輪本科教學水平評估中獲得“優(yōu)秀”成績。

學校建立了完善的學科體系。中醫(yī)骨傷科學為國家中醫(yī)藥管理局重點學科，也是福建省“211工程”重點建設學科。此外，還有7個福建省重點學科，1個福建省重點扶持學科。2003年以來，作為福建省八所重點建設高校之一，學校以學科建設為核心，重點建設了中醫(yī)學、中西醫(yī)結合、中藥學等學科，帶動護理學、心理學、情報學、管理學等學科的發(fā)展，取得了顯著的成績。

全校有2個研究院：福建省中醫(yī)藥研究院、福建中西醫(yī)結合研究院；2個國家（局級）三級科研實驗室，3個省級重點實驗室；2個省級實驗教學示范中心；1個國家食品藥品監(jiān)督管理局臨床藥理基地。學校開展的經絡研究、中醫(yī)骨傷科學基礎研究、中西醫(yī)結合老年病研究、中醫(yī)證的研究、白內障基礎與臨床研究、中草藥規(guī)范化種植與開發(fā)利用、中醫(yī)藥信息研究以及閩臺中醫(yī)藥文化研究等項目居于全國先進行列。附屬福州屏山制藥廠是科研成果轉化的重要基地。

學校有福建省人民醫(yī)院、福建省第二人民醫(yī)院以及福州市中西醫(yī)結合醫(yī)院、廈門市中醫(yī)院、泉州市中醫(yī)院、漳州市中醫(yī)院、寧德市醫(yī)院、三明市中西醫(yī)結合醫(yī)院等8所附屬醫(yī)院，臨床基地實力雄厚，體系健全。福建省人民醫(yī)院和福建省第二人民醫(yī)院有7個國家中醫(yī)藥管理局局級重點專科、專病，12個省級重點�？啤�專病。校本部設立國醫(yī)堂醫(yī)院，為社會提供服務。

學校辦學條件優(yōu)越。旗山校區(qū)占地面積935畝，屏山校區(qū)占地面積161畝�；�本建成的旗山校區(qū)建設配備了現代化的教學、科研、行政、生活等設施。圖書館文獻總量達135萬冊，館藏圖書豐富，具備了新一代的網絡存儲架構“ＳＡＮ架構”，存儲容量達到 30ＴＢ；校園網設備先進。

學校1998年、2000年、2002年、2006年四次被福建省委、福建省人民政府授予“文明校園”榮譽稱號。

學校是一所外向型大學，已與澳大利亞、馬來西亞、新加坡、臺灣、香港等國家和地區(qū)的十多個高等院校、科研醫(yī)療機構、學術團體合作開辦博士、碩士、本科、專升本等各種層次的學生培養(yǎng)；與丹麥、瑞典有關大學達成了互派師生訪問和到對方學校選修課程的協議；與美國、德國、日本等二十幾個國家和地區(qū)開展了經常性的考察、講學、醫(yī)療和學術交流活動，為中醫(yī)藥走向世界做出了貢獻。學校是內地第一所招收臺灣學生的中醫(yī)藥院校，對臺交流與合作是學校的辦學特色�，F有臺港澳學生及外國留學生471名，其中多數為臺灣學生。學校還與臺灣元培科技大學合作創(chuàng)辦影像學專業(yè)，與臺灣大仁科技大學合作創(chuàng)辦食品科學與工程專業(yè)；與臺灣有關機構開展科研、中藥研發(fā)、貿易等方面的合作，并組織學生赴臺灣參加交流活動。

在新的發(fā)展階段，全校師生醫(yī)護員工將進一步更新觀念，開拓進取，努力把學校建設成為一所以中醫(yī)藥為主，多學科協調發(fā)展，培養(yǎng)高層次中醫(yī)藥與中西醫(yī)結合人才，弘揚閩臺中醫(yī)藥文化，服務海峽西岸經濟區(qū)，具有鮮明辦學特色的現代外向型中醫(yī)藥知名大學。