對藥物治療有不良反應或無效者，可行手術治療，針對不同患者采用以下不同術式：

　　1.保留生育功能手術

　　適用于年輕尚未生育的婦女。手術應保留子宮，行單例卵巢囊腫切除或卵巢巧克力囊腫剝離術，輸卵管周圍粘連分離術，盆腔內局部病灶電灼或切除，以及子宮懸吊術。術后癥狀多能改善，50～65%婦女術后有受孕可能。

　　2.保留卵巢功能手術

　　適用于35歲以下，已無生育要求的婦女。切除全子宮及盆腔內其他病灶，但保留一側或部分卵巢以維持患者卵巢內分泌功能。

　　3.根治性手術

　　適用于近絕經期或雖較年輕但病變嚴重，且激素療法無明顯療效者。行全子宮雙附件及分腔內局部病灶切除。卵巢切除后，即使殘留部分異位內膜，變可逐漸自行萎縮退化。醫(yī)學，教育網 搜集整理術后視情況給予性激素治療。

　　4.腹腔鏡下手術治療

　　是近年國外較普遍采用的新技術，分為電凝、燒灼及電切或激光切除三種。初步觀察術后妊娠率較高。