早期對隱孢子蟲病的診斷須進行腸粘膜活組織檢查，近年則主要從糞便中查出卵囊確診。檢查方法多用糞便直接涂片染色法。水樣瀉的臨床癥狀可作參考。

金胺－酚染色法：染色后在熒光顯微鏡下可見卵囊為圓形，發(fā)出乳白色略帶綠色的熒光，中央淡染，似環(huán)狀。本法簡便、敏感，適用于批量標本的過篩檢查，但需要熒光顯微鏡，限制了在基層衛(wèi)生機構(gòu)的廣泛應(yīng)用。

改良抗酸染色法：染色后背景為藍綠色，卵囊呈玫瑰紅色，內(nèi)部結(jié)構(gòu)清晰。

金胺酚－改良抗酸染色法：上述方法染色后，標本中多存在非特異的紅色抗酸顆粒，貌似卵囊，難以鑒別。本法先用金胺－酚染色后，再用改良抗酸染色法復染，染后用光學顯微鏡檢查，其卵囊同抗酸染色，而非特異性顆粒呈藍黑色，顏色與卵囊不同有利于卵囊的檢查，并提高了檢出率和準確性。

免疫診斷，國外已有幾種方法，其中單克隆熒光抗體法較敏感特異。