在病因?qū)W上起著很重要的作用，發(fā)病有明顯的家族性。經(jīng)過研究指出幽門狹窄的遺傳機制是多基因性，是由一個顯性基因和一個性修飾多因子構(gòu)成的定向遺傳基因。這種遺傳傾向受一定的環(huán)境因素而起作用，如社會階層、飲食種類、各種季節(jié)等，發(fā)病以春秋季為高，但其相關(guān)因素不明。常見于高體重的男嬰，但與胎齡的長短無關(guān)。

肽能神經(jīng)的結(jié)構(gòu)改變和功能不全可能是主要病因之一，通過免疫熒光技術(shù)觀察到環(huán)肌中含腦啡肽和血管活性腸肽神經(jīng)纖維數(shù)量明顯減少，應(yīng)用放射免疫法測定組織中P物質(zhì)含量減少，由此推測這些肽類神經(jīng)的變化與發(fā)病有關(guān)。

近年研究胃腸道刺激素，測定血清和胃液中前列腺素（E2和E2a）濃度，提示患兒胃液中含量明顯升高，由此提示發(fā)病機制是幽門肌層局部激素濃度增高使肌肉處于持續(xù)緊張狀態(tài)，而致發(fā)病。亦有人對血清膽囊收縮素進行研究，結(jié)果無異常變化。

機械性刺激可造成黏膜水腫增厚。另一方面也導(dǎo)致大腦皮層對內(nèi)臟的功能失調(diào)，使幽門發(fā)生痙攣。兩種因素促使幽門狹窄形成嚴(yán)重梗阻而出現(xiàn)癥狀。但亦有持否定意見，認(rèn)為幽門痙攣首先引起幽門肌肉的功能性肥厚是不恰當(dāng)?shù)?，因為肥厚的肌肉主要是環(huán)肌，況且痙攣應(yīng)引起某些先期癥狀，然而在某些嘔吐發(fā)作而很早進行手術(shù)的患者中，通常發(fā)現(xiàn)腫塊已經(jīng)形成，腫塊大小與年齡的病程長短無關(guān)。肌肉肥厚到一定的臨界值時，才表現(xiàn)幽門梗阻征。

發(fā)病率有明顯的季節(jié)性高峰，以春秋季為主，在活檢的組織切片中發(fā)現(xiàn)神經(jīng)節(jié)先天性細胞周圍有白細胞浸潤，推測可能與病毒感染有關(guān)。但檢測患兒及其母親的血、糞和咽部均未能分離出柯薩奇病毒，檢測血清中和抗體亦無變化。用柯薩奇病毒感染動物亦未見病理改變，研究在繼續(xù)中。